Das Logo wurde von Herbert Angerer entworfen. Der Farbreichtum symbolisiert die verschiedenen Disziplinen, die NAGO in sich vereint, aber auch die Vielfalt der Erscheinungsformen in der Natur.
Die Symbolik für den wissenschaftlichen Zugang ist in der Auswahl der Lebewesen zu finden. So stehen für die Botanik die Farben Gelb (Gelbe Schwertlilie) und Blau (Frühlingsenzian). Die Ornithologie wird durch das Grün des Bienenfressers dargestellt und die Entomologie ist durch die Flügelfarbe des Tagpfauenauges vertreten.

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